ישיבת כפר הרא"ה חורתת על דגלה לחנך תלמידים שהקודש מוביל את חייהם, הרואים את יד ההשגחה האלוקית בגאולת ישראל בדורות אלו, תלמידים עם אמונה פנימית ביכולות שהקב"ה נטע בתוכם, אשר חיים מתוך רצון אמיתי לנתב את כוחותיהם וכישוריהם במטרה להנהיג את עם ישראל לתעודתו.

א. מידות – הישיבה מחנכת למידות ולדרך ארץ מתוך הבנה שזהו הבסיס שעליו הכל נבנה.

ב. לימוד תורה – הישיבה מחנכת ללימוד תורה משמעותי ורלוונטי, לימוד גמרא והלכה לעומקם ולימוד אמונה שיטתי מתוך הכרה שהקודש הוא הבונה את עמוד השדרה של התלמיד.

ג. עמל – הישיבה מחנכת לעמל כערך ולא רק כאמצעי – "גדול הנהנה מיגיע כפיו", ולעמל תורה בפרט.

ד. תעודת בגרות – הישיבה מחנכת לבגרות משמעותית מתוך הכרה שעם ישראל זקוק לאנשים אידיאליסטים בכל התחומים.

ה. רצון – הישיבה שואפת לגדל בוגר היכול לומר בלב שלם – 'רוצה אני'!, רוצה אני להיות שייך לעולם של תורה ומצוות מתוך הזדהות עמוקה.

ו. אחריות – הישיבה מחנכת לאחריות בשלושה מעגלים: אחריות אישית של התלמיד על מיצוי כוחותיו וכישרונותיו, אחריות על הסביבה בה הוא חי ומתוך כך לקיחת אחריות על החברה והמדינה.

ז. שותפות – צוות הישיבה רואה את עצמו שותף להורי התלמידים ולתלמידים עצמם בעיצוב דמותם החינוכית.